マイクロ法人　住民税はこう変わる？2025年最新の均等割・個人課税を解説します

マイクロ法人の住民税は、法人と個人の両面から考える必要があります。

赤字でも最低7万円程度の法人住民税（均等割）は避けられませんが、役員報酬の設計次第でトータルの税負担は最適化可能です。

この記事では、2025年の最新情報に基づき、均等割の仕組みから個人住民税の節税策、具体的な申告方法まで網羅的に解説。

あなたの税負担を最小化するヒントが見つかります。

2025年の前提とマイクロ法人が押さえるべき住民税の全体像

マイクロ法人を設立すると、お金の流れだけでなく税金の仕組みも個人事業主時代から大きく変わります。
特に「住民税」は、多くの方がその変化に戸惑うポイントです。

個人として納めるものに加え、法人として納めるものが新たに発生するため、全体像を正しく理解することが節税と健全な法人運営の第一歩となります。

この記事の冒頭では、2025年現在の税制を前提として、マイクロ法人が向き合うことになる住民税の全体像を明らかにします。

「法人」と「個人（役員）」の双方の視点から住民税を捉え、どのような関係性になっているのかを把握していきましょう。

住民税の二本立て 法人住民税と個人住民税

マイクロ法人を設立すると、住民税は「法人住民税」と「個人住民税」の2種類を意識する必要があります。
これらは納税者も課税対象も全く異なる、別々の税金です。

両者の違いを混同してしまうと、節税計画や資金繰りに思わぬ狂いが生じる可能性があるため、最初にその違いを明確に区別しておきましょう。

具体的に、誰が、何に対して、どこに納める税金なのかを以下の表で整理しました。

このように、マイクロ法人の経営者は、法人として「法人住民税」を納め、役員報酬を受け取る個人として「個人住民税」を納めることになります。

特に重要なのは、法人住民税の「均等割」は、法人が赤字であっても必ず支払い義務が発生するという点です。
この仕組みが、マイクロ法人運営における固定コストとして認識しておくべき重要なポイントとなります。

2025年税制改正のポイントとスケジュール

税制は毎年改正が行われ、法人運営に影響を与える可能性があります。

2025年に関連する税制改正の中で、マイクロ法人が特に知っておくべき動向を押さえておきましょう。

現時点での主なポイントは以下の通りです。

結論として、2025年時点でマイクロ法人の住民税の根幹を揺るがすような大きな制度変更は予定されていません。
しかし、税制は常に変化するものであるため、国税庁や自治体の発表する最新情報に常にアンテナを張っておく姿勢が重要です。

マイクロ法人の典型スキームと住民税の関係

多くの人がマイクロ法人を設立する目的の一つに「社会保険料の最適化」があります。
このスキームが、法人と個人の住民税にどのように影響するのかを理解することは極めて重要です。

マイクロ法人の典型的なスキームは、役員報酬を社会保険料が低く抑えられる金額（例えば月額6万円前後）に設定し、事業で得た利益の大部分を役員報酬としてではなく、法人の利益として残すというものです。
このスキームと住民税の関係は以下のようになります。

つまり、マイクロ法人を設立するということは、「個人住民税の負担を軽減する代わりに、法人住民税の均等割という新たな固定費を負担する」というトレードオフの関係にあると理解しておくと良いでしょう。
このバランスを考え、自身の事業規模や利益水準と照らし合わせて法人化のメリットを判断することが成功の鍵となります。

法人住民税の基礎 均等割と所得割の仕組み

マイクロ法人が納める法人住民税は、大きく分けて「均等割」と「所得割（法人税割）」という二つの要素で構成されています。
この二つの仕組みを正しく理解することが、適切な節税と資金繰りの第一歩です。
特に、マイクロ法人のように利益を抑えて運営する場合、赤字でも支払い義務が生じる「均等割」の存在が非常に重要になります。

ここでは、それぞれの計算方法と仕組みを基礎から詳しく解説します。

均等割の区分 資本金従業員数所在地で変わる

均等割とは、法人の所得（利益）の金額にかかわらず、法人が事業所を置く地方自治体に対して支払う、いわば「場所代」や「会費」のような性格を持つ税金です。

地方自治体が提供する行政サービス（道路の整備、消防、警察、ゴミ処理など）の経費を、その地域に存在する法人が広く公平に負担するという考え方に基づいています。

この均等割の金額は、主に以下の3つの要素によって決まります。

• 資本金の額（または出資金の額）
• 従業員数
• 事業所の所在地（都道府県・市町村）

マイクロ法人の場合、多くは「資本金1,000万円以下、従業員数50人以下」という最低の区分に該当します。
この区分であれば、たとえ決算が赤字であっても、法人として存在する限り、最低限の均等割を毎年納付する義務があります。

東京都と政令指定都市の目安

均等割の金額は、事業所を置く自治体によって異なります。
特に、法人が集中する大都市では税額が比較的高くなる傾向があります。
以下に、マイクロ法人が最も該当しやすい「資本金1,000万円以下・従業員数50人以下」のケースでの年間均等割額の目安を示します。

東京都の特別区（23区）内に事業所がある場合、道府県民税と市町村民税が一本化された「都民税」のみを納付します。
そのため、手続きが比較的シンプルです。

※上記は標準税率を適用した場合の一般的な金額です。自治体によっては超過課税により金額が異なる場合があります。

このように、多くの自治体で最低でも年間7万円の均等割が発生することになります。
これは法人運営における固定コストとして、あらかじめ事業計画に織り込んでおく必要があります。

地方自治体での差と標準税率

法人住民税の均等割には、地方税法で定められた「標準税率」が存在します。
多くの自治体ではこの標準税率を採用していますが、自治体の財政状況などによっては、標準税率を上回る税率（超過課税）を設定している場合があります。

例えば、神奈川県や大阪府など一部の自治体では、森林環境保全などを目的とした独自の超過課税を導入しており、標準税率の2万円に数千円が上乗せされることがあります。
そのため、同じ資本金・従業員数のマイクロ法人であっても、本店所在地によって年間の均等割額が異なるという事態が生じます。

法人を設立する際には、登記する本店所在地の自治体が定める法人住民税の税率を確認しておくことをお勧めします。
最新の正確な税額については、必ず各都道府県および市町村の公式ウェブサイトや税務担当課でご確認ください。

所得割の算出方法 事業年度損益と課税標準

所得割（法人税割）は、その名の通り、法人の所得に応じて課税される住民税です。

具体的には、国の税金である「法人税」の額を計算の基礎（課税標準）として算出されます。

計算式は以下の通りです。

◆ 法人住民税（所得割） ＝ 課税標準となる法人税額 × 住民税率

マイクロ法人の運営スキームでは、役員報酬を調整することで課税所得をゼロ、あるいは非常に低い金額に抑えることが一般的です。

課税所得がゼロであれば、当然ながら法人税額もゼロになります。

法人税額がゼロの場合、その額を基礎として計算される法人住民税の所得割もゼロになります。

つまり、利益が出ていない赤字決算の年度や、利益と経費（役員報酬など）が同額で課税所得がゼロになった年度では、所得割の負担は発生しません。
この点が、赤字でも必ず発生する均等割との大きな違いです。

欠損金繰越と外形標準課税の適用有無

まず、マイクロ法人経営者が知っておくべき重要な点として、資本金1億円以下の法人には「外形標準課税」は適用されません。
外形標準課税は、所得だけでなく資本金の額や付加価値額など、会社の規模（外形）に応じて課税される仕組みですが、マイクロ法人は対象外ですのでご安心ください。

一方で、マイクロ法人でも活用できる制度が「欠損金の繰越控除」です。
これは、過去の事業年度で生じた赤字（税務上の欠損金）を、翌年度以降に発生した黒字（所得）と相殺できる制度です。
青色申告をしている法人であれば、発生した欠損金を最大10年間繰り越すことができます。

例えば、設立初年度に100万円の赤字（欠損金）を出し、翌年度に150万円の黒字（所得）が出たとします。
この場合、繰り越した100万円の欠損金と黒字を相殺し、その年度の課税所得を50万円に圧縮できます。
これにより法人税額が減少し、結果として法人住民税の所得割も少なくなるというメリットがあります。

申告納付の流れ 電子申告 eLTAX と納付方法

法人住民税は、事業年度が終了した後、原則として決算日の翌日から2ヶ月以内に申告と納付を完了させる必要があります。

例えば、3月31日が決算日の法人であれば、5月31日が申告・納付期限となります。

申告書は、以下の2か所に提出します。

• 都道府県税事務所（道府県民税の申告）
• 市町村役場（市町村民税の申告）

※東京23区に事業所がある場合は、都税事務所への提出のみで完了します。

申告・納付の方法は多様化しており、自社に合った方法を選択できます。

申告方法現在、最も主流なのが「eLTAX（エルタックス）」を利用した電子申告です。

eLTAXは地方税ポータルシステムのことで、国税のe-Tax（イータックス）と連携させることで、法人税、消費税、そして法人住民税・事業税の申告を一度の操作でまとめて行えるため、非常に効率的です。

多くの会計ソフトがeLTAXに対応しており、マイクロ法人でもスムーズに導入できます。

納付方法納付についても電子化が進んでいます。

申告期限を過ぎてしまうと、延滞税などのペナルティが発生する可能性があるため、決算後は速やかに手続きを進めることが重要です。

役員報酬と個人住民税 マイクロ法人経営者の最適化

マイクロ法人を設立すると、法人としての納税義務だけでなく、経営者個人にも税金がかかります。
その代表格が「個人住民税」です。役員報酬の決め方ひとつで、この個人住民税の負担は大きく変わります。

ここでは、マイクロ法人の経営者が自身の住民税を最適化するための知識と具体的な手法を詳しく解説します。

個人住民税の内訳 所得割と均等割

まず、個人住民税がどのような仕組みで計算されているのかを理解しましょう。

個人住民税は、大きく分けて「所得割」と「均等割」の2つの要素で構成されています。

所得割
所得割は、前年の1月1日から12月31日までの所得金額に応じて課税される部分です。
税率は、お住まいの自治体に関わらず、原則として一律10%（都道府県民税4%＋市区町村民税6%）です。
計算式は以下のようになります。

◆ （前年の総所得金額等 － 所得控除額）× 税率10% － 税額控除額 ＝ 所得割額

役員報酬は給与所得にあたるため、総所得金額を計算する際には、収入額から給与所得控除が差し引かれます。
さらに、社会保険料控除や配偶者控除などの所得控除を適用することで、課税対象となる所得を圧縮できます。

均等割
均等割は、所得金額にかかわらず、一定以上の所得がある方に定額で課税される部分です。
いわば、自治体の行政サービスを維持するための会費のようなものです。
標準税額は年間5,000円（都道府県民税1,500円＋市区町村民税3,500円）ですが、自治体によっては独自の税率（森林環境税など）が上乗せされ、金額が異なる場合があります。

マイクロ法人の経営者は、この所得割をいかに抑えるかが、個人住民税を最適化する上での重要な鍵となります。

特別徴収と普通徴収 どちらを選ぶか

住民税の納付方法には、「特別徴収」と「普通徴収」の2種類があります。

給与所得者である法人の役員は、原則として「特別徴収」が義務付けられています。

マイクロ法人の場合、経営者自身が給与計算と納付手続きを行うことになります。

事務的な手間は発生しますが、法律上の義務であるため、必ず特別徴収の手続きを行いましょう。

毎月の役員報酬から住民税を天引きし、翌月10日までに管轄の市区町村へ納付します。

控除の活用 社会保険料控除ふるさと納税配偶者控除

住民税の所得割を減らすためには、所得控除を最大限に活用することが不可欠です。

マイクロ法人の経営者が特に意識すべき控除をいくつかご紹介します。

これらの控除を漏れなく適用することで、課税所得を大きく引き下げ、結果的に住民税の負担を軽減することが可能です。

住民税非課税ラインと最低限の役員報酬設計

マイクロ法人を設立する大きなメリットの一つが、社会保険料の最適化です。
それに加え、役員報酬の設定次第では、個人の住民税を非課税にすることも可能です。

住民税が非課税になる所得の基準は、お住まいの自治体や扶養親族の有無によって異なります。

ここでは、多くの場合に基準となる東京23区の例を見てみましょう。

ポイントは「合計所得金額」という点です。

役員報酬（給与収入）から住民税を計算する場合、まず給与所得控除（最低55万円）が差し引かれます。
つまり、単身者の場合、年間の役員報酬が100万円以下であれば、給与所得は45万円（100万円－55万円）となり、住民税は非課税になります。

この仕組みを利用し、社会保険料の負担を最小限に抑えつつ、住民税も非課税にする役員報酬設計が考えられます。

例えば、役員報酬を月額45,000円（年収54万円）に設定すると、社会保険料は最も低い等級となり、給与所得は0円（54万円－55万円）となるため、住民税はかかりません。

ただし、これはあくまで一例です。ご自身の生活費や事業計画、将来の年金受給額なども総合的に考慮し、最適な役員報酬額を決定することが重要です。

他の事業所得がある場合や、配偶者の扶養に入るかどうかによっても最適な戦略は変わるため、慎重に検討しましょう。

マイクロ法人 住民税の節税アイデアと注意点

マイクロ法人を設立する大きな目的の一つが節税です。
しかし、住民税に関しては、単に法人化すれば安くなるという単純な話ではありません。
特に法人住民税の「均等割」は、利益が出ていなくても発生する固定費となるため、正しい知識を持って対策を講じることが不可欠です。

この章では、マイクロ法人が実践できる住民税の節税アイデアと、見落としがちな注意点を具体的に解説します。

均等割の最小化 資本金と事務所所在地の影響

法人住民税の節税を考える上で、最も重要なポイントは「均等割」をいかに低く抑えるかです。

均等割の金額は、主に「資本金の額」「従業員数」「法人の所在地（自治体）」の3つの要素で決まります。

マイクロ法人がコントロールしやすいのは資本金と所在地です。

まず、資本金は1,000万円以下に設定することが絶対条件です。

資本金が1,000万円を超えると、均等割の税額が大幅に跳ね上がります。

多くのマイクロ法人はこの基準を満たしているかと思いますが、設立時や増資の際には必ず意識してください。

従業員数についても、50人以下であれば最低税率が適用されるため、小規模で運営するマイクロ法人では通常問題になりません。

次に影響するのが事務所の所在地です。

法人住民税の均等割は、国が定める標準税率（都道府県民税2万円、市町村民税5万円の合計7万円）を基準としていますが、自治体によっては財政状況に応じてこれより高い税率（超過課税）を設定している場合があります。

例えば、東京都23区内に本店を置く場合、都民税の均等割は最低でも7万円となり、市町村民税相当分が含まれているため、合計額は標準税率の自治体と同じ7万円です。
しかし、政令指定都市である神奈川県横浜市では、県民税（2万円）と市民税（6万円、超過課税適用）の合計で8万円となります。
このように、本店をどこに置くかによって、毎年支払う均等割の額が変わってくるのです。

自宅兼事務所の場合でも、登記上の本店所在地が納税地となります。バーチャルオフィスを利用する場合も同様です。

法人設立時には、事業の利便性だけでなく、各自治体の均等割の税率を確認し、長期的なコストを比較検討することも有効な節税策の一つと言えるでしょう。

赤字でも発生する負担を見越した資金繰り

個人事業主から法人成りした経営者が最も注意すべき点の一つが、この「赤字でも発生する負担」です。

個人事業主の場合、所得が赤字であれば所得税や住民税（所得割）は発生しません。
しかし、法人の場合、たとえ事業年度の損益が赤字であっても、法人住民税の均等割（最低でも年7万円）は必ず支払わなければなりません。

この均等割は、法人がその地域社会の行政サービス（道路、消防、警察など）の恩恵を受けている対価として課される会費のようなものであり、利益の有無とは無関係に発生します。
特に、設立初年度でまだ売上が安定しない時期や、事業が思うように進まず赤字が続いている状況では、この固定費が資金繰りを圧迫する要因になり得ます。

したがって、マイクロ法人の事業計画や資金計画を立てる際には、この年間7万円（またはそれ以上）のコストをあらかじめ経費として織り込み、納税資金を確保しておくことが極めて重要です。

納税は事業年度終了の日の翌日から原則2ヶ月以内に行う必要があるため、決算月が近づいたら納税資金の準備を忘れないようにしましょう。

誤解しやすい落とし穴 法人住民税の均等割はゼロにできない

「事業を一時的に休む『休眠』の手続きをすれば、均等割は払わなくて済む」という話を聞いたことがあるかもしれません。
これは半分正しく、半分は誤解を生む可能性があります。

確かに、税務署と都道府県・市町村に「異動届出書」を提出し、事業を休止している旨を届け出ることで、均等割の課税を免除してくれる自治体は存在します。
しかし、これは法律で定められた義務ではなく、あくまで各自治体の裁量による運用です。
つまり、休眠届を提出しても、自治体によっては通常通り均等割の納税通知書が送られてくるケースも少なくありません。

また、免除されたとしても、それはあくまで休眠期間中の措置です。

少しでも事業を再開したり、収入が発生したりした場合は、速やかにその旨を届け出て納税義務を再開する必要があります。
この手続きを怠ると、後からまとめて課税されたり、延滞税などのペナルティが課されたりするリスクもあります。

結論として、法人が存在する限り、法人住民税の均等割の納税義務は原則として無くならないと理解しておくべきです。

安易に「休眠すればゼロになる」と考えるのではなく、事業を継続しないのであれば、解散・清算手続きを踏んで法人格を消滅させることも選択肢として検討する必要があります。

税務調査で見られるポイント 役員報酬の決定と事業実態

住民税の直接的な節税ではありませんが、マイクロ法人の税務全体、ひいては住民税にも影響を及ぼす重要な注意点が、税務調査におけるチェックポイントです。

税務調査で特に厳しく見られるのが「役員報酬」と「事業実態」です。

役員報酬を低く設定すれば、経営者個人の所得税・住民税や社会保険料の負担は軽くなります。
しかし、その金額が経営者の働きや貢献度、同業他社の水準と比べて不相当に高額であると判断された場合、その超過分は法人の経費（損金）として認められません。

逆に、生活実態とかけ離れた極端に低い役員報酬は、個人の生活費の出所を疑われるきっかけになる可能性もあります。

役員報酬は、定期同額給与の原則を守り、事業の実態に見合った合理的な金額を設定することが重要です。

さらに根本的な問題として、マイクロ法人に明確な事業実態があるかどうかが厳しく問われます。

単に社会保険料の負担を軽減するためだけに設立されたペーパーカンパニーとみなされた場合、法人格そのものが否認され、すべての節税メリットが失われるという最悪の事態も考えられます。

契約書や請求書、業務内容の記録などをきちんと整備し、個人事業や他の法人との事業内容が明確に区分され、独立した事業として成り立っていることを客観的に証明できるようにしておく必要があります。

これらのポイントは、適正な申告と納税を行う上で大前提となる事柄です。

目先の節税効果だけにとらわれず、長期的な視点で健全な法人運営を心がけましょう。

地方別の法人住民税均等割の比較とシミュレーション

法人住民税の均等割は、法人の所得（利益）が赤字であっても必ず発生する税金です。
そして、その金額は法人の本店所在地がある地方自治体によって異なります。

資本金や従業員数が同じマイクロ法人であっても、どこに会社を置くかで納税額が変わるため、設立前にしっかりとシミュレーションしておくことが重要です。

ここでは、主要都市の比較や具体的なケーススタディを通じて、均等割の実際を詳しく見ていきましょう。

東京都大阪府名古屋市のケース

法人住民税は「道府県民税（東京都の場合は都民税）」と「市町村民税」の2つで構成されます。
特に、東京都23区や政令指定都市では、税率が標準税率よりも高く設定されている「超過課税」が適用される場合があります。

マイクロ法人で最も一般的な「資本金1,000万円以下、従業員数50人以下」のケースで、主要3都市の均等割額を比較してみましょう。

上記のように、多くの主要都市では、マイクロ法人の均等割は合計で年間70,000円が最低ラインとなります。
これは、道府県民税の標準税率20,000円、市町村民税の標準税率50,000円を合計した金額です。

東京都23区内に法人を置く場合は、都民税として一本化されているため、申告・納付先が一つで済むという特徴があります。

自治体によっては独自の超過税率を設けている場合もあるため、必ず本店を置く予定の自治体の公式サイトや税務課で最新の税率を確認することが不可欠です。

自宅兼事務所の場合の取り扱い

マイクロ法人の多くは、コスト削減のために経営者自身の自宅を本店所在地として登記する「自宅兼事務所」の形態をとります。
この場合の法人住民税の取り扱いは非常にシンプルです。

法人住民税の均等割は、登記上の本店所在地がある自治体に対して課税されます。
したがって、自宅の住所で法人登記をすれば、その住所地の市区町村および都道府県に対して均等割を納付することになります。

自宅が賃貸か持ち家かといった点は、均等割の課税には一切関係ありません。

例えば、埼玉県さいたま市にある自宅で法人登記した場合、埼玉県（県民税）とさいたま市（市民税）の両方から均等割が課税されます。

注意点として、もし自宅とは別に店舗や事務所などを他の市区町村に設けた場合、その事務所がある自治体からも均等割が課税される可能性があるため、事業拠点が複数にわたる場合は税理士などの専門家への相談をおすすめします。

個人事業との比較 マイクロ法人化の損益分岐

「個人事業主のままでいるべきか、マイクロ法人を設立すべきか」を判断する上で、住民税を含めた税金と社会保険料のトータルコストの比較は欠かせません。

マイクロ法人化すると、赤字でも最低約7万円の法人住民税均等割が発生するというデメリットがありますが、役員報酬に給与所得控除が適用される、社会保険料を経費にできるといった大きなメリットも享受できます。

損益分岐点は、売上から経費を差し引いた「所得」の金額によって変動します。

以下は、あくまで一例ですが、所得金額別の税・社会保険料負担のイメージです。

一般的に、課税所得が500万円を超えてくると、マイクロ法人の方が手取り額が多くなる傾向にあります。
これは、所得税の累進課税率が高くなる領域に入る前に、給与所得控除という大きな控除を使えるようになるためです。
さらに、社会保険料を自分でコントロールできる点もマイクロ法人の強みです。

ただし、このシミュレーションは役員報酬の設定額、扶養家族の有無、適用される控除など、個々の状況によって結果が大きく異なります。

法人化を検討する際は、必ずご自身の状況に合わせて、税理士などの専門家と共に詳細なシミュレーションを行うようにしてください。

申告実務のチェックリスト

マイクロ法人の設立後、初めての決算や申告は誰しも不安に思うものです。
特に一人で経理から申告まで担う経営者にとっては、手続きの抜け漏れが大きなリスクになりかねません。

この章では、法人住民税の申告をスムーズに、そして正確に完了させるための実務的なチェックリストをタイムライン、必要書類、よくあるミスの3つの観点から解説します。
このリストを活用し、着実に申告作業を進めましょう。

決算から確定申告までのタイムライン

法人住民税の申告・納付には、法律で定められた期限があります。

事業年度が終了してから慌てないよう、年間を通したスケジュールを把握しておくことが重要です。

以下に、決算日から申告・納付完了までの標準的なタイムラインを示します。

必要書類 申告先と控置き

法人住民税の申告には、法人税の申告内容を基にした所定の様式と、決算内容を示す添付書類が必要です。

提出先が複数にわたる点も個人事業主の確定申告とは異なるため、注意が必要です。

eLTAXを利用すれば、上記の書類を電子データで一元的に提出できるため、マイクロ法人の申告実務では導入を強く推奨します。

申告後は、提出した申告書の控えと、電子申告の場合は受付結果を知らせる「受付通知」を必ず保管してください。
これらの控えは、融資の申し込みや各種手続きで会社の公式な収益証明として必要になるほか、税務調査の際にも重要な資料となります。

帳簿書類とともに、青色申告法人の場合は原則7年間（欠損金が生じた事業年度は10年間）の保存義務があります。

よくあるミス 回避策

申告実務では、慣れないうちは思わぬミスをしてしまうことがあります。
特にペナルティにつながるミスは避けなければなりません。

ここでは、マイクロ法人が陥りがちなミスとその回避策をまとめました。

よくある質問 FAQ

マイクロ法人の住民税に関して、特に疑問に思いやすいポイントをQ&A形式でまとめました。

設立初年度や役員報酬の設定、事業を休止する場合など、具体的なケースを想定して解説します。

開業初年度の住民税はどうなる？

開業初年度（設立1期目）の住民税は、「法人住民税」と経営者個人の「個人住民税」で取り扱いが大きく異なります。

それぞれの課税タイミングと計算方法を正しく理解しておくことが重要です。

法人住民税の取り扱い

法人住民税は、設立初年度から納税義務が発生します。
たとえ事業が赤字であったとしても、資本金や従業員数に応じて計算される「均等割」は必ず課税されます。

ただし、設立初年度の事業年度が12ヶ月に満たない場合、均等割は月割りで計算されます。計算式は以下の通りです。

◆ 均等割額 ＝ 年税額 ×（事業年度の月数 ÷ 12）

例えば、4月1日に設立し、3月31日決算の法人であれば事業年度は12ヶ月ですが、10月15日に設立し、3月31日決算の場合は事業年度が6ヶ月（1ヶ月未満の端数は切り捨て）となり、均等割もその期間分のみとなります。

一方、所得に応じて課税される「法人税割（所得割）」は、その事業年度で利益（所得）が出た場合にのみ発生します。

個人住民税の取り扱い

役員報酬にかかる個人住民税は、前年の1月1日から12月31日までの所得を基準に計算されます。
そのため、法人を設立した初年度に役員報酬を受け取ったとしても、その年の個人住民税は（前年に他の所得がなければ）課税されません。
課税が始まるのは、役員報酬を受け取り始めた年の翌年からです。

例えば、2025年中に法人を設立し役員報酬の支払いを始めた場合、その報酬に対する個人住民税が課税されるのは2026年度（2026年6月以降）からとなります。
このタイムラグを理解し、翌年からの納税に備えて資金を準備しておく必要があります。

役員報酬ゼロの場合の住民税は？

マイクロ法人を運営する上で、戦略的に役員報酬をゼロに設定するケースも考えられます。
この場合、法人と個人の住民税はそれぞれどうなるのでしょうか。

法人住民税への影響

役員報酬をゼロにしても、法人が存在する限り、法人住民税の均等割は毎年必ず発生します。
均等割は法人の存在そのものに対して課される税金であり、利益の有無や役員報酬の額とは無関係です。
最低でも年間7万円程度（自治体により異なる）の負担は避けられません。

また、役員報酬は法人の経費（損金）として計上されるため、役員報酬をゼロにするとその分だけ法人の利益が大きくなります。
もし他の経費で相殺できなければ、利益に対して課される「法人税割（所得割）」が増加する可能性もあります。

個人住民税への影響

役員報酬がゼロの場合、給与所得は0円となります。
そのため、給与所得に対する「所得割」は課税されません。

しかし、「個人住民税が完全にゼロになる」とは限りません。
個人住民税には、所得にかかわらず一定額が課される「均等割」があります。
多くの自治体では、前年の合計所得金額が一定の基準（例：45万円など）を超えると均等割（年額5,000円程度）が課税されます。
そのため、役員報酬以外に不動産所得や配当所得など他の所得がある場合は、個人住民税が発生する可能性があります。

「役員報酬ゼロ＝個人住民税ゼロ」ではないという点を理解しておくことが大切です。

事業休止や休眠のときの均等割は？

事業活動を一時的に停止する「休眠」を選択した場合でも、法人格は存続しています。
そのため、何の手続きもしなければ、法人住民税の均等割は毎年課税され続けます。

この負担を回避するためには、所定の手続きが必要です。

休眠手続きの方法

事業を休眠させるには、まず管轄の税務署に「異動届出書」を提出し、休業する旨を届け出ます。
しかし、これだけでは不十分です。法人住民税は地方税であるため、都道府県税事務所および市区町村役場にも、同様に休業の届出を行う必要があります。
この地方自治体への届出を忘れると、均等割の納税通知書が送付され続けてしまうため注意が必要です。

自治体による対応の違い

休眠届を提出した場合の均等割の取り扱いは、自治体の条例によって異なります。

• 届出により、均等割が全額免除される自治体
• 免除はされず、通常通り課税される自治体
• 特定の条件を満たした場合に減免される自治体

このように対応は一律ではないため、必ず事前に本店所在地を管轄する都道府県・市区町村の担当窓口に確認することが不可欠です。

「休眠すれば必ず税金がかからなくなる」というわけではないことを覚えておきましょう。

休眠中の申告義務

休眠中であっても、原則として確定申告の義務は残ります。
特に、青色申告の承認を受けている法人が2期連続で期限内に申告書を提出しないと、青色申告の承認が取り消されてしまいます。
将来事業を再開する可能性があるのであれば、所得がゼロであっても毎年申告手続きを行うことをお勧めします。

まとめ

マイクロ法人の住民税は、法人と個人の両面から理解することが重要です。

法人住民税の均等割は、事業が赤字でも最低7万円程度は必ず発生するコストとなります。

一方で、役員報酬を適切に設定することで、個人の住民税や社会保険料の負担を最適化できるのが大きなメリットです。
この均等割という固定費を上回る節税効果が見込めるかどうかが、マイクロ法人設立の判断基準の一つと言えるでしょう。

ご自身の事業計画と照らし合わせ、慎重に検討してください。